Hoàn thuế GTGT là một trong những thủ tục quan trọng giúp doanh nghiệp tối ưu dòng tiền và đảm bảo quyền lợi thuế theo quy định pháp luật. Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp vẫn gặp khó khăn trong việc xác định điều kiện hoàn thuế, chuẩn bị hồ sơ, quy trình nộp hồ sơ và xử lý khi cơ quan thuế kiểm tra. I. Trường hợp được hoàn thuế giá trị gia tăngCăn cứ Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP, các trường hợp được hoàn thuế GTGT bao gồm:1. Hoàn thuế đối với xuất khẩuTrước đây, Luật thuế GTGT vẫn cho phép hoàn thuế GTGT với xuất khẩu trong trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác; chỉ không cho phép hoàn thuế trường hợp này nếu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan. Lưu ý: Tuy nhiên, từ ngày 01/7/2025, doanh nghiệp thực hiện nhập khẩu hàng hóa, sau đó xuất khẩu hàng hóa đó sang nước khác thì không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT với xuất khẩu, kể cả việc xuất khẩu được thực hiện tại địa bàn hoạt động hải quan. Cụ thể như sau:Theo đó, doanh nghiệp trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác.(Theo khoản 2 Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 69/2025/TT-BTC.)2. Hoàn thuế đối với đầu tưHoàn thuế GTGT đầu vào đang trong giai đoạn đầu tư:Theo đó, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư mới/mở rộng hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư thì số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư phải được bù trừ trước với số thuế GTGT phải nộp từ hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế.Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành:Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành nhưng doanh nghiệp chưa thực hiện hoàn thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư thì thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.Ngày dự án đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu (Không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư).Hoàn thuế GTGT trong trường hợp thành lập tổ chức kinh tế mới hoặc giao cho chi nhánh thực hiện:Trường hợp chủ đầu tư thành lập tổ chức kinh tế mới hoặc giao cho Ban Quản lý dự án, chi nhánh trực tiếp thực hiện thì các đối tượng này được khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.Chi nhánh phải bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện của mình cùng kỳ tính thuế (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.Trường hợp khi dự án hoàn thành mà chi nhánh không tiếp tục hoạt động thì phải bàn giao số thuế GTGT chưa khấu trừ hết cho đơn vị tiếp nhận (chủ đầu tư hoặc cơ sở được giao quản lý) để tiếp tục kê khai, khấu trừ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh vào kỳ tính thuế tiếp theo ngày dự án đầu tư hoàn thành.Trường hợp dự án đầu tư chưa đi vào hoạt động nhưng phải chấm dứt:Theo đó, nếu dự án bị dừng trước khi có doanh thu từ hoạt động chính thì phải nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn. Phần chưa hoàn sẽ không được giải quyết hoàn thuế.Hoàn thuế GTGT đối với dự án ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiệnDự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư đã được cấp giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận, chấp thuận kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư chưa phải đề nghị cấp giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận, chấp thuận kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.Dự án đầu tư không phải có giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận, chấp thuận kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.3. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%Trường hợp doanh nghiệp chỉ sản xuất, cung cấp hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%:Nếu sau 12 tháng liên tục hoặc 04 quý liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế.Trường hợp doanh nghiệp có nhiều mức thuế suất:Phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào dùng cho hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%.Nếu không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế 5% được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hoạt động sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ hoàn thuế.4. Hoàn thuế đối với cơ sở kinh doanh khi giải thể, phá sảnTrước đây, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.Tuy nhiên, Luật thuế GTGT 2024 đã thắt chặt hơn về hoàn thuế GTGT với quy định này, cụ thể:Bãi bỏ việc hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chấm dứt hoạt động.Chỉ cho phép hoàn thuế giá trị gia tăng khi giải thể, phá sản có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.5. Hoàn thuế đối với hàng hóa mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh6. Hoàn thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo7. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam của đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao8. Hoàn thuế theo điều ước quốc tếII. Trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng1. Doanh nghiệp kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăngTrừ trường hợp áp dụng mức thuế suất 0%. (Theo khoản 16 Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP)2. Trường hợp không được hoàn thuế đối với đầu tưDoanh nghiệp không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp sau đây:Dự án đầu tư không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế.Dự án đầu tư ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật trừ các trường hợp hoàn thuế GTGT đối với dự án ngành, nghề đầu tư kinh doanh.Dự án đầu tư ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản (không bao gồm dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí) và dự án đầu tư sản xuất sản phẩm là tài nguyên, khoáng sản khai thác đã chế biến thành sản phẩm khác.III. Điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăngCăn cứ Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định 359/2025/NĐ-CP) doanh nghiệp thuộc trường hợp hoàn thuế phải đáp ứng điều kiện sau đây:Phải là doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán.Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của doanh nghiệp.Đáp ứng quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và không thuộc trường hợp các hóa đơn, chứng từ được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm tại Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.Doanh nghiệp lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với từng trường hợp hoàn thuế.IV. Thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng mới nhấtCăn cứ theo quy định tại Chương V Thông tư số 80/2021/TT-BTC thì thủ tục, quy trình hoàn thuế GTGT được thực hiện theo các bước sau:Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế GTGTDoanh nghiệp thuộc nhóm đối tượng được hoàn thuế GTGT là hồ sơ hoàn thuế bao gồm:Văn bản yêu cầu hoàn thuế (mẫu số 01/HT).Các giấy tờ khác theo yêu cầu của từng trường hợp cụ thể được nêu ở mục 3.Bước 2: Gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT lên cơ quan thuếDoanh nghiệp gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT lên cơ quan thuế có thẩm quyền theo các hình thức sau:Nộp trực tiếp tại cơ quan quản lý thuế.Nộp hồ sơ qua đường bưu chính.Nộp hồ sơ điện tử trên cổng giao dịch điện tử của cơ quan quản lý thuế.Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơTrong 3 ngày làm việc sau khi nhận được hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện phân loại và thông báo cho người nộp thuế thuộc 1 trong 2 trường hợp sau:Hồ sơ được chấp nhận: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thông báo cho người nộp thuế về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.Hồ sơ không được chấp nhận: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thông báo bằng văn bản yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin này không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.Lưu ý: Quá thời hạn giải quyết nếu việc chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn trả, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả. Bước 4: Nhận tiền hoàn thuế GTGTNgười nộp thuế nhận tiền hoàn thuế theo thông báo của cơ quan quản lý thuế. Cụ thể thời gian nhận tiền hoàn thuế như sau:Chậm nhất 06 ngày làm việc: Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước.Chậm nhất 40 ngày làm việc: Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.V. FAQ – Câu hỏi thường gặp1. Doanh nghiệp bị lỗ có được hoàn thuế GTGT không? Doanh nghiệp bị lỗ vẫn có thể được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện về hóa đơn, chứng từ và thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định pháp luật hiện hành.2. Vì sao nhiều doanh nghiệp đủ điều kiện nhưng vẫn bị chậm hoàn thuế GTGT? Thực tế, nhiều doanh nghiệp dù phát sinh số thuế GTGT đầu vào lớn và đáp ứng điều kiện hoàn thuế nhưng hồ sơ vẫn bị kéo dài thời gian xử lý do thiếu tính đồng bộ giữa chứng từ kế toán, hóa đơn và dữ liệu kê khai thuế. Ngoài ra, một số trường hợp còn phát sinh rủi ro từ nhà cung cấp, thanh toán chưa đúng quy định hoặc hồ sơ giải trình chưa đầy đủ. Cơ quan thuế hiện nay kiểm tra rất kỹ tính thực tế của giao dịch nên chỉ cần một sai sót nhỏ cũng có thể khiến hồ sơ bị chuyển sang diện kiểm tra trước hoàn thuế.3. Những lỗi phổ biến khiến hồ sơ hoàn thuế GTGT bị từ chối là gì? Một số lỗi phổ biến khiến doanh nghiệp bị từ chối hoàn thuế GTGT gồm sử dụng hóa đơn không hợp lệ, kê khai sai thông tin hóa đơn, thanh toán tiền mặt không đúng quy định hoặc thiếu chứng từ chứng minh giao dịch thực tế. Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp còn gặp tình trạng số liệu giữa sổ kế toán và tờ khai thuế không khớp, dẫn đến việc cơ quan thuế yêu cầu giải trình nhiều lần.4. Có thể tự theo dõi tiến độ hồ sơ hoàn thuế không? Doanh nghiệp có thể tra cứu tình trạng xử lý hồ sơ hoàn thuế thông qua hệ thống thuế điện tử của cơ quan thuế.5. Doanh nghiệp mua hàng từ nhà cung cấp rủi ro về thuế có ảnh hưởng đến việc hoàn thuế không? Việc mua hàng từ nhà cung cấp có rủi ro về thuế có thể ảnh hưởng trực tiếp đến hồ sơ hoàn thuế GTGT của doanh nghiệp. Nếu nhà cung cấp có dấu hiệu sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc ngừng hoạt động nhưng không thông báo, cơ quan thuế có thể tạm dừng xử lý hồ sơ để xác minh. Trong nhiều trường hợp, phần thuế GTGT đầu vào liên quan còn có thể bị loại khỏi hồ sơ hoàn thuế. Vì vậy, doanh nghiệp nên kiểm tra kỹ thông tin pháp lý, tình trạng hoạt động và lịch sử hóa đơn của đối tác trước khi thực hiện giao dịch.-----------------------------------------------Với đội ngũ chuyên viên giàu kinh nghiệm, quy trình xử lý chuyên nghiệp và hỗ trợ tận tâm, HTDNV cam kết giúp doanh nghiệp tối ưu thời gian, giảm thiểu rủi ro pháp lý và an tâm tập trung phát triển hoạt động kinh doanh.►►► Gọi ngay 0909 206 247 hoặc 089 883 5656 để được chuyên viên HTDNV tư vấn miễn phí!
Với quan điểm vì lợi ích cao nhất của khách hàng, chúng tôi – HTDNV GROUP xin cam kết
Dịch